Будет ли работать навигация в приложении Google Maps на Android в роуминге (Эстония), если я отключу на телефоне Mobile data?

Нет. Нужна программа с оффлайн-навигацией, типа OsmAnd.

А я у себя в телефоне загружаю карту, делаю маршрут и выключаю передачу данных, только GPS оставляю и все работает. Прям в гугл мапс. Деньги сверху не берут.

Не будет. В гугломапсе вроде была возможность закешировать кусок карты, но навигация, сколько помню, на серваках гугла считается. Найди что-нибудь оффлайновое, да.

При отключении пакетной передачи данных - неа. Лучше всего скачать какой нибудь оффлайновый навигатор.