В колледже на каком-то компе вирус,что можно сделать,чтобы он не попадал на флешку каждый раз?

Вполне. :)

отформатировать

отформатировать её ,если нельзя  то антивирусом сканировать

Я думаю сделать только формат

С помощью любой бесплатной антивирусной программы (AVG , AVZ , avast!, и т.д), предварительно обновив вирусные базы до последней версии.

http://aykinfo.ru/uploads/otherfiles/1.zip

Для форматирования флешки в NTFS нужна небольшая хитрость.
Для начала, зайти в Control Panel -> Administrative Tools -> Computer Management
В появившемся окне выбрать Disk Management.
В контекстном меню флешки выбрать Properties.
На закладке Policies выбрать пункт Optimize for Performance и нажать OK.

После данной операции появится возможность форматировать в NTFS.

Рискну предположить что картина у тебя примерно такая ты форматируешь внешний жесткий или флешку она прекрасно(без наличия вирусов) форматируется, а система зараженная(на обоих комп.) на которой производится форматирование, сново заражает данные устройства, и в результате ты думаешь что тебе формат не помогает... начни с лечения систем где производится формат они скорей всего заражены... Попробуй тем-же касперским пробной(30 дневной) версией ( http://www.kaspersky.ru/kav-trial ) прогнать компьютеры и остальные съемные устройства.. он скорей найдет то чего Аваст не находит, так как если тебе вылечить компьютеры и вставить в них сново зараженные флешки, жесткие, то система сново будет заражена в результате - палка о двух концах. Пиши мне в личку помогу чем смогу.

Микро СД - это не флешка, а карта памяти. Это раз.
Второе - если твоя "супер-флешка" покупалась где-нибудь на Ибее за 2 доллара, то скорее всего это жестокий фэйк, объемом не 1 Гб, а 256 или 512 Мб.
Сто тыщ раз уже сталкивались с китайским хламом, который начинает себя вести некорректно при превышении реального объёма памяти.

Отформатируй её. И запиши на неё фильм.