Есть ли разница в определении этого слова в зависимости от времени?
Да. Но по сути, если рассмотреть само слово, то мета (из, вне, после) - нечто, что следует или является основой, физика - природа вещей. Т.е. метафизика - физика самой физики, её основ. Натягивать это слово на разные понятия было много любителей во все времена, поэтому шанс наткнуться на какое-то вырвиглзное антинаучное гумно за этим словом достаточно велик.
По сути, это попытки людей добраться до основ появления мира, вселенной и сил, это определивших. Из-за раскидистости цели, собственно, оно и обросло разными понятиями и из философской дисциплины в сугубо собственную научную не переросло... Но в общем цель изучения понятна - основы всего.