Какой прогой и во что лучше сжать видеокамерное видео (mini DV) с целью в дальнейшем смотреть на компьютере?

12 лет я работал с этим форматом.
Отвечаю на вопросы.
1. Качество условно цифровое. Матрица все равно слабенькая. Цифровая запись всего-навсего устраняет возможные ошибки записи на магнитную ленту - всегда будет считываться бит-в-бит.
2. Все верно, так и переносится на комп.
3. Родная программа для MiniDV - Pinnacle Studio. В последних версиях, которыми я пользовался, удобно сразу в DVD-video выводить. Но там голимое качество кодека MPEG-2. Я в итоге перешел на CCE2.
Другие программы более тяжеловесны, хотя могут обладать более высоким качеством работы.
4. Аудио без компрессии, видео сжато кодеком DV.
5. Аудио-параметры в камере у тебя выставились далеко не лучшего вида - у меня в камере был выставлен параметр 48 кГц вместо 32 кГц. Именно с такой частотой дискретизации работает программа авторинга DVD-video.
Подответы:
В MKV есть смысл делать только в одном случае - если у тебя аудиопоток или видеопоток не единственные. Обычно делают 2 звуковые дорожки с разными языками. Тогда удобно пихать в контейнер MKV. А в твоем случае логично предложить контейнер AVI. А с этим контейнером превосходно справится VirtualDUB. Там можно навешать кучу примочек, и тогда "виртуалдаб" тебе сделает из г...  конфетку. Кодеки на твой вкус. Если хочешь простую авишку сделать, чтобы шла на любом компе, то достаточно сжать кодеком DivX или XviD. Аудиодорожку сжимай в MP3. То есть, у тебя должен стоять "виртуалдаб" (он не требует инсталяции, не засоряет реестр и можно запустить несколько копий этой проги в отличии от тяжеловесных видеоредакторов), аудиокодек MP3 и видеокодеки DV и на выбор DivX или XviD. Если уже у тебя есть "пиннакл студио", то можешь его установить, и тогда в системе появится кодек DV.
Насчет деинтерлейса. Для авишек лучше его произвести. Иначе будет "гребенка", которая в быстрых сценах будет мешать комфортному просмотру. Но если делаешь DVD-video, то деинтерлейс ухудшит плавность движений в кадре.

1. MKV сейчас моден. Если для себя, вполне подойдёт. Если для YouTube, я использую DivX + Mp3 256 Kbps (320 почему-то на YouTube не работает). Впрочем, если у тебя видео не HD, то, возможно, использование MKV будет неоправданной тратой места на диске.

2. Зависит от целей. Я сжимаю в VirtualDub. Негромоздкая программа, не требует инсталляции, не перегружает компьютер графическими излишествами (GUI есть, но совершенно не монструозный, как, например, у нового Vegas).   Тут можно использовать бритву Оккама. Если VirtualDub, который занимает 3 Мб, справляется с твоей задачей, то зачем же устанавливать Premiere, который занимает 500 и пестрит яркими баннерами, или Vegas, который безбожно тормозит?

3. Deinterlace нужен. Но если программа, в которой видео будет просматриваться, делает это сама, то лучше оставить как есть.

Кстати, для перегонки несжатого видео никакая особенная программа не нужна. Windows Movie Maker вполне справляется с этой целью, и он уже есть.

Вот примеры видео miniDV, сжатого VirtualDub в DivX + Mp3 320 Kbps: http://atheist.buktopuha.net/jazz/ (то, что сжато в XViD, делал не я, мне кажется, что там качество занижено).

Да. Оболочка не важна. Важно наличие самого кодека.
Я сжимал через VirtualDUB ,кодек - Xvid. Это не панацея, но как вариант...
На самом деле, есть просто куча всевозможных компрессоров для видео.

....