Какой программой(benchmark) можно измерить производительность ОС windows и linux?

Проще ответить "никакой", чем долго и нудно разъяснять, что оценка производительности - целый учебник, и магической программы "нажми на кнопку, получишь результат" не бывает.

Из-за специфики систем сравнивать их напрямую некорректно. Поэтому "попсовых" платформонезависимых тестов нет. Если интересуют действительно серьезные тесты платформ, придется обращаться к промышленным тестам производительности SPEC.