купила себе телефон xperia S, зашла через него в скайп и все контакт, что были в скайпе, сохранились в контактах в телефоне.Как можно их от туда удалить? Я и фильтры ставила , но те контакты которые были в информации с номером телефона все

Удалить skype на некоторое время, после чего установить новую версию(последнюю) skype.

никак, если синхронизация прошла уже.

Если в скайпе нет настройки "Синхронизировать контакты" то уже никаК, только если удалить  скуп.
Так это же удобно- куча контактов , не нужно номера искать самому