Есть ли способ убить SD карту без применения физической силы, возможно цикличная запись в одни и те же сектора по сто раз, желательно автоматизированно. ОС Windows/Ubuntu?

зажми карту между двумя электро-магнитами. Если она не очень экранирована - помрет. Гарантий нет.

Есть.
HDD LLF Low Level Format Tool
делает низкоуровневое заводское форматирование.
http://hddguru.com/software/HDD-LLF-Low-Level-Format-Tool/
Есть портабельная версия
rutor.org/torrent/280878/hdd-low-level-format-tool-4.40-2013-rs-portable

Часто брендовые карты форматируют собственными утилитами,
а не родные их могут убить.

в микроволновку до первого щелчка.

По сто раз - маловато будет же. Можно напряжение побольше подать. Но это сиравно физическая сила.

не знаю устроит тебя этот вариант или нет, но если поставить на неё пароль и забыть, считай брелок.
Если очень надо могу написать прогу такую..

Системные требования:
  Windows 2000 | XP | Vista x32/x64 | 7 x32/x64
  Windows Server 2003 | 2008 | 2008R2


Описание:
HDD Low Level Format Tool - утилита для низкоуровневого форматирования жесткого диска, а также внешних устройств, подключенных через интерфейсы USB (например, флеш-карт) и Firewire. Может стереть данные и произвести низкоуровневое форматирование жестких дисков SATA. IDE, SAS, SCSI or SSD типов. Также работает с любыми внешними шасси, подключенными через интерфейс USB или FireWire, также безупречно, как и с накопителями на базе flash-памяти.

Внимание! Низкоуровневое форматирование уничтожает MBR, все разделы и все пользовательские данные, поэтому ни о каком восстановлении данных (в случае ошибки - форматирования не того накопителя, что нужно) не может быть и речи - восстановить ничего и ничем станет невозможным.