Стоит ли ставить удаление pagefile.sys после выключения компьютера ?

Выполняйте.

Заодно, обратите внимание - всегда стоит иметь pagefile фиксированного размера (порядка 2xRAM), так как во время работы системы он только растёт, но никогда не уменьшается (фрагментация! тема отдельной лекции). Опять же, если есть таковая возможность, вынесите pagefile на отдельный шпиндель (физический диск).

Одна из новых возможностей Vista - хранение виртуальной памяти на flash-носителях, чрезвычайно сказывается на time-critical операциях и общей работоспособности системы. Используйте её.

молчание, знак согласия! (думаю не стоит!

Нет смысла.