Видел у многих в машинах из под магнитолы торчит провод с мини джеком. Типа подключить плеер или телефон и слушать свою музыку. Каким образом он подключается к магнитоле (или к чему)?

Большинство использует такую штуку

У эпловской продукции есть такие штуки, если не ошибаюсь. Погугли их, и потом в инструкции глянь что и к чему коннектить

обычно все используют трансмиттер (погугли), он втыкается в прикуриватель и состраивается на одну частоту с радио. В трансмиттер можно пихнуть плеер или флешку через соответствующий разьем.
есть магнитолы с усб,  прямо в них пихаешь флешку

В почти каждой автомагнитоле есть аудиовход. Для всяких CD-ченджеров и прочего. На колодке автомагнитолы есть провода, к ним и прикручивается миниджек. Какие именно - зависит от модели магнитолы. Надо смотреть инструкцию, datasheet, искать в ней распиновку заднего разъёма.
У встроенных тоже должны быть.