Есть вал с номинальным размером 40, допуск на вал Н12, то есть по большому счёту размер будет 40,125 ±0,125. А если допуск А12, то как его посчитать?

1. Сейчас общепринята (преимущественно) "система отверстия" при назначении допусков. Т.е. главным является отверстие. Именно его допуск обозначают заглавной латинской буквой. ===> для вала будет h12, а не Н12.
2. Размер будет 40 (для h12) с предельными отклонениями 0/-0,25.
3. Допуска А12 (или а12) я не знаю (по крайней мере в системе ЕСКД). Возможно что-то было в системе ОСТ, но с первого взгляда я тоже ничего подобного не нашел.
4. Единственное, что есть для вала с индексом "а" ---это а11 (-310/-470)

http://spravconstr.ru/html/v1/ch14.html