Какой программой можно изменить формат видео? (в частности формат нужен для телефона)

Сам? Это тебе не Linux, то, что те настройки, которые тебе предлагает система и устанавливай :)

С помощью программы Format Factory

totAL VIDEO CONVERTER

куда тебе это видео нужно?в телефон?в видак?зачем?xilisoft video converter - из любого в любой формат

Magic Video Converter

Узнай для начала, какие именно форматы воспроизводит твой телек (DVD,плеер) и сконвертируй в этот формат. Программ для этого - великое множество. Например, TotalVideoConverter

Вообще-то,на диск можно записать фильм любого формата. Но если тебе нужен фильм какого-то определённого формата, то нужно использовать конвертер.

MP4 - это контейнер видео. Поменять контейнер в MKV можно с помощью утилиты http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/downloads.html.
Если же интересует полная перекодировка содержимого (например, из DivX в XviD и т. п.), то можно воспользоваться VirtualDub, http://www.effectmatrix.com/total-video-converter/index.htm или любой другой аналогичной программой.

Format Factory --> http://www.pcfreetime.com/RU/

Format Factory - достаточно проста в использовании.
Total Video Converter - чуточку посложнее, но более гибкая в настройках.