Значит настройки либо в скрытых системных папках, либо в ветках реестра. Удалить ключи реестра можно через программу ССleaner (но аккуратно... что-нибудь неверно удалишь и винда не запустится). А вот системные папки либо искать вручную, либо поискать, где они находятся через гугл.
Скорее всего ты сама уже не помнишь. Потому что, да, в скайпе бывает глюк, когда возвращаются старые (удалённые) контакты, но чтобы из неоткуда новые появлялись - такого быть не может.