Как физическое лицо может выставить счет?

напишешь бумагу, которая будет называться "Счёт". в ней укажешь сколько надо заплатить, за что, и как. вероятно есть какие-то типовые формы или бланки, поищи.
это такой же примерно счёт как тебе дают в ресторане.

Единственно что приходит на ум - составить договор о вашем предоставлении своих услуг этой компании с уговоренной выплатой.

ну если ты самозанятый то у тебя должна быть чековая книжка, зареганная в виде. А если ты неофициал, то я не знаю, звони в вид и спрашивай

Вопросы по расчетам надо решать до выполнения работ. Пусть платят наликом. Ты можешь выставить счет, если зарегишься в сгд, но и придется вести вести бух учет и платить налоги.  Без этого счет выставить не можешь никак

pridetsja tebe teper zaregit dejatelnost i rabotat legalno

Ну если физическое лицо записано как самозанятое, то счет может выставить.

В WORD или EXCEL спокойно можно его заполнить и отправить по email.