Могут ли быть флуоресцентные краски на водяной основе?

без проблем
сейчас даже автомобильные краски есть на водной основе
а ещё есть светящийся пигмент, который можно добавлять в любые краски

Конечно! Всё зависит от того, какой люминофор используется в конкретной краске. Существует большое количество флуоресцентных веществ, растворимых в воде. Такую краску можно сделать и самому - например, добавить люминофор в раствор водоэмульсионный краски.