По каким причинам преданный ученик может всерьез бояться духовного наставника?

Он может бояться быть обманутым. Религия - вещь опасная. Вера - и крепкая, и хрупкая одновременно. Религия вполне может повлиять на веру. Но вера и религия - разные вещи. Наставник может учить одному, чему-то поистине убедительному... Но эффектность и эффективность - вещи тоже разные. В данном случае, конечно, эти два слова несовсем уместны, но суть вы поняли. Человеку вовсе не нужен духовный наставник, ибо вера, это нечто очень личное и сокровенное, тайное от других людей. И каждый человек сам выберает, во что ему верить.

Если ученик в какой-то момент видит,что учитель слегка ''перегибает палку'',использует знания во вред другим,просто пользуясь силой не думая,такое бывает...

Представь, ты искренне веришь учителю, но в какой-то момент понимаешь, что его учение несёт что-то ужасное, но вопреки своему мнению и принципам, под воздействием его авторитета и любви к нему, ты всё же осознано принимаешь ужасное и неверное учение. Ты понимаешь что делаешь ошибку, но не можешь совладать с его ментальной силой и от того кровь холодеет в жилах) да, я читаю книги)

ну если преданный, тогда может персональная психическая травма, которая как-то проявляется в контакте с духовным наставникам.

Ученик, ставший на духовный путь изначально стремиться к очищению своего сознания, опираясь на разум, готов отказаться от чувственных наслаждений и желания обладать, владеет своим телом, умом и речью, но в то же время понимает, что ничего во вселенной ему не может принадлежать, он умиротворён и спокоен, его не может мучить чувство вины, страха, стыда, вожделения, ненависти. Именно тогда он способен осознать свою духовную природу. К этому стремиться ученик под руководством учителя (второй уже достиг).
Если что-то пошло не так, то скорее всего учитель зваться им не имеет права.
Возможно, преданный боится сам себя в лице наставника, опасается стать таким как он, но из уважения и чувства благодарности за прошлые дела, не решается сказать ему об этом.

Если он(ученик) действительно был предан, то это уже не наставник, но в Слове Божьем сказано то что и это мы тоже должны прощать искренне.

духовный учитель видит "насквозь" своего ученика, поэтому больше всего ученик боится, что его могут раскусить, когда он вынужден что-то скрывать