По какой причине могут удаляться сами по себе фото с телефона?

может потому что было обновление  на Android

потому что повреждена файловая система.

Сделай копию всех файлов, форматни карту памяти и загрузи фотки обратно.

синхронизация с другим устройством. удаляя что то на нём удаляется везде.  у родственнице телефон синхронизируется с телефоном мужа. то что сфоткал он, появляется и у неё и на оборот, но всё это хранится и на сайте программы синхронизации, если это удалить там то пропадает везде!

если этим ты не пользуешься то может памяти не хватает и телефон сам удаляет то что по его мнению устарело