Биос пишет deleting index entry и удаляет файлы,что делать?

Ты уверен что это биос пишет? а не операционная система? где ты это видишь? это больше похоже на ошибки файловой системы тобишь логические или физические проблемы с жестким диском. Вот у человека похожая проблема http://www.whatis.ru/forum/viewtopic.php?id=11888 и там не чего общего с биосом нет вообще обычный скандиск тобишь операционнка пишет.. ты разберись и напиши в личку помогу чем смогу.

Это не БИОС пишет. Это сама ОС при загрузке удаляет битые индексы, а не сами файлы.
То есть, другими словами, ОС исправляет ошибки файловой системы. Так что, можешь спать спокойно.