Будут ли работать программы? (описание внутри)

нет, реестры то остались на Ц

НЕТУ ОПИСАНИЯ Внутри, ЗНАЧИТ НЕ БУДУТ!
П.С. после переустановки ОС будут, но не все ( в виду отсутствия записей в реестр)

Что-то будет, что-то не будет. Те программы, у которых в реестре записано что-то важное, не будут запускаться. Это обычно всякие большие и серьезные программы. Всякие мелкие, аудиоплееры например, скорее всего будут запускаться. Надо проверять.