Все ли мысли идут прямиком из головы?

наверное, хомо сапиенсы еще в древности заметили, что если дать дубинкой по голове, то пострадавший станет менее эффективно и быстро мыслить

Ну, некоторые думают филейной частью.
А по поводу знаний и предсказуемости... Это определяется и характером и прочими условностями втч. Так как, можно знать, что от точки А в точку Б можно проехать 3мя путями, но выбирается всего лишь один - наиболее короткий, удобный, знакомый итп. Получается, что человек знает о 3х видах проезда, но предсказуем лишь в одном случае. А другому такому же может быть нравится ездить разными маршрутами постоянно. Другое дело, если человек вообще знает лишь один путь.
Так и мы, знаем много "правильного", но делаем, как правило, как нам удобнее, хочется итп. Мы связаны порой не только недостатком информации, но и нерешимостью, консерватизмом, упрямством, стереотипами в своём выборе пользования этой информацией.
Мысль преобразуется в голове в виде фраз, приобретает форму из словарного запаса, так как именно головной мозг ответствует за это, а зарождается она где... кто знает?