Где именно, в корне Firefox, в program files, распологаются закладки?

если хочешь сохранить закладки, то просто экспортируй их. Закладки, управление закладками, экспорт в *.json файл

Вопрос зачем? Прямо из браузера можно сделать Export.

Они не в Program Files, а в Document & Settings (ну или в зависимости от версии), в папке профиля Firefox'а.