Где и как прописать, чтобы вместо левого Ctrl у меня был Fn ?

Fn, насколько я знаю, напрямую связана с микросхемой на клавиатуре. Накакие прописки не помогут.

Но допускаю, что можно программку какую-нибудь поставить, которая будет менять один Hotkey на другой.

Лучший выход: привыкни к новому.