Зачем приложения вконтакте используют MD5 ?

Многие вэб-приложения используют md5 для хеширования идентификаторов сессии (apache это делает автоматом), а так же для передачи/хранения аутентификационной информации (например, логин и пароль), т.к. по хешу невозможно восстановить исходное значение.

я бы в контакте и спросил бы...

судя по всему, для лучшей защиты при переходе между приложение-соцсеть