Имеет ли преподаватель не засчитать практику пройденой,если печать с фирмы есть,а человека на самой практике не было?

Если это документально доказано, то может не засчитать, а так это всего лишь его домыслы. Я так понимаю, что печать доказательство того, что ты там был

может не засчитать,если на месте практики была проверка со стороны учебного заведения,а студент на практике отсутствовал

Может засчитать, если повезет.
Если ты менее везучий, то преподаватель не засчитает. А если ты менее везучий и начнешь выступать, то препод позвонит в фирму, спросит "проходил ли такой-то практику?". Дальше зависит от того - насколько тебя знают/любят в фирме. Если о тебе там не слышали, то ты вполне можешь попасть в черный список препода. А если ты совсем неудачник, то отправишься на пару лет в места не столь отдаленные за подделку документов.