Какая программа меняет формат фотографии из CR2 в JPG?

Фотошопом можно.

На самом деле это один и тот же формат.
Его полное название Joint Photographic Experts Group - сокращение JPEG.
Но в старых операционных системах расширения файлов не могли быть больше 3-х букв. Поэтому расширение файлов этого формата сократили до 3 букв JPG.
А в других операционных системах этого ограничения нет, поэтому расширение не сокращали.
Вот и существует паралельно два стандарта расширений для одного и того же формата фалов.