Какие есть программы блокирующие всыплывающие окна (рекламу)?

Вообще-то как бы во всех современных браузерах есть встроенный блокировщик всплывающих окон. Покопайтесь в настройках.

Интернет браузер это может делать,у  меня так Опера блочит всю рекламу по моему выбору.

Используйте Mozilla Firefox и не морочьте голову. Mozilla Firefox имеет массу дополнений, которые блокируют 'всплывающие' окна (например: AdBlock Plus).
Не вижу надобности в использовании других программ в ОС Windows.
Не засоряйте свою систему ненужными программами.

Сам же предпочитаю блокировать рекламу модифицируя файл hosts -- блокируя доступ к серверу. Подробнее: Google.
Преимущества: минимальное влияние на работу (в действительности нулевое).