Если Windows XP, то выставить в BIOS приоритет на системный жёсткий диск (там где винда) и в корне диска в файле boot.ini прописать
[boot loader]
timeout=3
default=multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP" /noexecute=alwaysoff /fastdetect
То что выделено жирным - указать в соответствии с главным жёстким диском.
Если это Windows Vista \ Seven, то перед применением комманд "fixboot" и "fixmbr" сначала надо перейти на главный жёсткий диск. А лучше запустится с диска Windows 7 и просто щёлкнуть Startup Repair.
Так же стоит удалить изначальный груббер линукса :)