Как заставить этот скрипт работать быстрее?

ой ёлки ))) 3-4 строчка вообще апастная, не видел чтобы так доставали данные о прозрачности ))) лучше уже не оптимизировать этот кусок, а переписать логику. Как я понял там простой фейд плавный должен идти, в нете дофига подобных готовых скриптов

setTimeout("fadeOff()", 10) -- ,1 ?

Попробуй удалить лишние по твоему мнению строки.По перебирай

Зачем так извращаться? Уже всё написано до нас.
http://docs.jquery.com/Effects/fadeOut

никак.выкини комп (((((