Как настроить ubuntu на две видеокарты?

В принципе просто установив драйвера. И у каждово чипсета свои программы управления. Был бы вопрос поточнее (какие карточки) - дал бы более исчерпывающий ответ.

Энергопотреблением видеокарты управляет драйвер или система X, в вашем случае я рекомендую установить драйвера nvidia для Linux: http://www.nvidia.com/object/unix.html
А если воспользоваться утилитой powetop? Могу ошибаться, но по-моему она предлагает выбрать какие устройства переводить в suspend. Возможно, предложит как поступить и с видеокартой? У меня одна карта в ноуте, так что проверить не могу
http://is.gd/cPFTWf