На запускной диск можно записывать другую информацию помимо? (Внутри)

по логике нет, т.к. допустим программа установка использует только те файлы, которые нужны для это программы (что заложено в установщике), т.е. остальные файлы влиять не будут. у меня допустим есть установочная флешка, на которой помимо винды, храниться куча других файлов. никаких проблем нет.

Можно. Только для этого нужно открыть ISO-образ ,добавить в него необходимые файлы, потом его сохранить и записать.
Либо писать мультисессию, с добавлением в новую сессию (или сессии) своих данных.