Почему многие коммерческие программные видеопроигрыватели плохо работают с видео формата *.mkv ?

потому что гладиолус!
МКВ очень тяжёлый формат. тупо кодеков нормальных нет для него
Скачай VLC Media Player - он отлично их играет
  

"..цезарю - цезарево!"... скачай КМПлеер и не в чем себе не отказывай!:)