Пропадает иерархия документов при загрузке чего-либо на сайт. Win7 32bit, в чем проблема? Скрин внутри.

Могу предположить, что Вы пробуете загрузить файлы на сайт через интернет-броузер - возможно проблема именно в последнем и стоит попробовать любой другой альтернативный вариант. Если это не поможет, надо попробовать перезагрузить компьютер - Windows Vista и Windows 7 часто сами преодолевают странные сбои после перезагрузки.

Может там у тебя идет сортировка по размеру файла или по дате? Ты пробовал сортировку изменить? Через контекстное меню выбираешь пункт меню "сортировка". У меня он второй сверху.
Второй вариант, который вряд ли тебе может навредить, на сервере файлы приобретают время создания файла равное времени копирования файла на сервер. Но все равно, это не отменяет возможность изменить тип сортировки.