Стоит ли ставить системный блок нас стол , если позволяет место, внутри годный кабель менеджмент, стекло и подсветка и шума нет вообще ( без нагрузки) ?

под столом он пыль сосёт с пола, особенно новые кейсы, где блок питания находится снизу корпуса.  лучше на стол ставить.

Да именно это рекомендуют настоящие айтишники, но у меня такой возможности ПОКА нет.

у меня стоит всегда на столе и не мешает

да по сути тебе и решать стоит или нет.. если на столе место есть то почему бы и нет.. у меня на столе стоит.. да и корпус такой.. что стыдно его прятать под столом.