Что за фигня? Конвертирую видео из avi в mp4, а в итоге прога конвертирует его в avi? Как это исправить?

Попробуй  http://mskvn.by/blogs/13824-fabrika-formatov-21-format-factory-21-2009-rus.html И,как вариант,может кодеки стоит сменить в системе.

ImTOO 3GP Video Converter 3,сам с ней работаю и все нормально
если лицензия но программу закончилась то ни какая переустановка не поможет