Что лучше и в чем разница?

по-моему, сейчас нтфс юзают.. а времена фат32 прошли :)

NTFS.

Достоинства:

      1. Быстрая скорость доступа к файлам малого размера;
      2. Размер дискового пространства на сегодняшний день практически не ограничен;
      3. Фрагментация файлов не влияет на саму файловую систему;
      4. Высокая надежность сохранения данных и собственно самой файловой структуры;
      5. Высокая производительность при работе с файлами большого размера;

Недостатки:

      1. Более высокие требования к объему оперативной памяти по сравнению с FAT 32;
      2. Работа с каталогами средних размеров затруднена из-за их фрагментации;
      3. Более низкая скорость работы по сравнению с FAT 32;

FAT 32

Достоинства:

      1. Высокая скорость работы;
      2. Низкое требование к объему оперативной памяти;
      3. Эффективная работа с файлами средних и малых размеров;
      4. Более низкий износ дисков, вследствие меньшего количества передвижений головок чтения/записи.

Недостатки:

      1. Низкая защита от сбоев системы;
      2. Не эффективная работа с файлами больших размеров;
      3. Ограничение по максимальному объему раздела и файла;
      4. Снижение быстродействия при фрагментации;
      5. Снижение быстродействия при работе с каталогами, содержащими большое количество файлов;

по ссылке в "полезные ссылки" можешь прочитать подробнее, ну или воспользуйся гуглом для обьективности информации ;)

Кекс если ты играеш в игры и игры будут окола 4 ГБ то лутше НТФС ставть так как на ФАТ32 стоит огранечитель архевирования =) то есть заорхивировать можно тока 3 Гб вроде =)

лутше NTFS

Естественно NTFS.. =)

frostwing, в принципе, всё сказал. Ну а так от меня.. NTFS надёжней намного, особенно при аварийных вырубаниях системы. FAT проще, и если время от времени дефрагментировать, побыстрее малёк.  FAT изучен вдоль и поперёк, загрузится на него можно хоть с дискетки. NTFS внутренняя технология Windows. Защищённость NTFS иногда играет злую шутку, когда система полетела и из некоторых папок данные не достать.. Какие то наработки есть у сторонних компаний в её использовании с других ОС, особенно на чтение с NTFS, но, как говориться на свой страх и риск, когда работает когда нет.
На FAT нельзя создавать файлы размером больше 4 гигов, ИМХО самый серьёзный недостаток. Образ DVD уже не влазит.

Исходя из данных по этим файловым системам самый практичный вариант диск C сделать под FAT32, а D под NTFS. Соответственно для С хватит места до 10 ГБ (система там будет стоять), а для D всё остальное.

Лучше NTFS  позволяет все + надежнее !

Официальная позиция Microsoft уже с 1993 года:
  "Всегда, где это возможно, следует использовать только NTFS."
  Ссылка: Учебные курсы Microsoft по управлению Windows NT, Windows 2000, Windows XP, Windows 2003 для системных администраторов.

От себя добавлю, что только с помощью NTFS вы можете сделать систему неубиваемой.
Предыдущие ораторы, кто рекомендовал FAT, не могут быть признаны компетентными в данном вопросе. Слушать их = портить свой компьютер.

это виды сжатия.
NTFS счмтается более практичным, FAT32 - устаревашя система и старые операционные системы.
Старые операционные системы (win98) NTFS не видят.
Поэтому имеет смысл юзать NTFS.