Что лучше 6GB DDR3-1066 или 4GB DDR3-1333?

Для начала, определитесь, какую операционную систему будете ставить, точне разрядность. Если 32bit, то берите 4 гигабайта, т.к. реально использоваться будут всё равно только 3 при любом физическом объёме. Если же 64 бит, то скажу так - памяти никогда не бывает много. С течением времени планка "нормального" объёма поднимается всё выше, для любых компьютеров, офисных, игровых и т.д. Причём происходит это достаточно быстро. Даже офисный работник на семёрке в наше время, открыв несколько документов в Экселе, несколько в Ворде, запустив MS Outlook, броузер с несколькими вкладками и другую рабочую мелочь может загрузить компьютер так, что мама не горюй. Что говорить о геймерском компе, где, обычно, резидентно висит куча-мала и к которому требования на отзывчивость при этом выше.
Теперь же немного терминов. Во-первых, разница между 1066 и 1333 намного меньше, чем между 800 и 1066, в пределах 5 процентов по синтетике, на деле не заметите. Далее, в вопросе нехватает одной важной детали - таймингов. Посмотрите на тайминги памяти, которую хотите купить, чем ниже числа, тем лучше. При равных объёмах, если, к примеру, у 1333 памяти тайминги больше, чем у 1066, то разницы в скорости не будет вообще. Если же тайминги существенно больше, то 1333 будет работать медленнее, чем 1066. Кстати, ещё один нюанс, если частота шины процессора, например, 1333, то память с такой частотой тоже получает плюс по сравнению с низкочастотной.
Таким образом, если разница таймингов не более 3 в пользу 1066 (помните, меньше число - лучше), то берите 6 гигабайт. Если у 1333 слишком большие тайминги, то 4 гига. По промежуточным вариантам сказать сложнее, нужно знать точные параметры памяти и системы, а так же специфику ваших задач.
Разницу скорости засчёт частот вы врядли заметите и при равных объёмах

Если твой компьютер на занят рассчётом трёхмерной модели движения пучка заряженных электронов в синхрофазотроне, то хватит и 2 Гб.
При ежедневной работе, просмотрах фильмов, 2/4/6 гб - на глаз разницу не увидишь. Я тоже  

я бы взял 4...

смотря для чего

не верю я что ты все 6 гигов чем-то запряжешь ) 1333 быстрее работает, но на фоне типичных задач незаметно.

Спорно. Ну, я бы, скорее всего взял бы 4 Гб 1333. Потому что скорость передачи выше.