девушка - баптистка, я - католик, агностик. Могут быть конфликты?

Нет. У вас Бог один.

Да, Католик-агностик это 2 конфликтные философии. Одна верит в "бог един" и уверенно топчет ножкой. А другая "ну может быть есть ктото там".

Не, не так. А я агностик гностического толка.
Кстати, очень трезвая позиция. Склоняться к католическому богословию, но не настаивать на знании, ведь католицизм, как и прочие богословские системы знания и не требуют. Все они требуют ВЕРЫ! Так что по сути все верующие являются агностиками, но не разобравшись в себе и своих религиозных доктринах залезли на территорию гностиков и пытаются УТВЕРЖДАТЬ, как носители знания, совсем забыв, что они всего лишь верующие и знаний не имеют по определению своего статуса.

А на счет конфликтов - зависит от степени "посвящения" Вашей жены. Говоря простым языком, семейная атмосфера будет зависеть от её фанатизма и попыток претворить все свои убеждения в жизнь.
К примеру я - агностик (пока), жена баптистка-фанатичка. Конфликты были мама не горюй. И именно на религиозной почве. Возразить она мне не может, в ход идут только эмоции. Сейчас вроде бы ни чего, я провел кое-какую профилактическую работу, пояснил "политику партии" с любовью и терпением, какие были, вроде успокоилась =)
Но границу нужно постоянно бдить. Время от времени она начинает борзеть и приходится профилактику периодически повторять. Думаю это будет мой крест до гроба.
В общем мудрость и терпение Вам в помощь. И главное, относитесь с пониманием, и не забывайте, что религиозная "посвященность" - это психическая болезнь.
Представьте, что она Ваш пациент.
(совет как чистому агностику)

"Нет. У вас Бог один" - ага, это было хорошо видно в тихую, лунную, Варфоломеевскую ночь  

Уже есть  
=====
Если серьезно, то если в паре не полные идиоты, то не должны быть конфликты. Из-за этого точно.

раз спрашиваешь...то конфликты уже есть и не только по религиозным вопросам

Да, но если вы любите друг друга, то справитесь.

А я - православный атеист.

баптисты-это секта-да.