если немецкая зарплата придет на латвийский счет вычитают ли из нее налоги?

Сколько немцы перечислят - столько сюда и придёт.
А уж удержат они что-то с неё или нет - это уже их дело.

А как они узнают, что это зарплата?

Налоговая сама обьявится, если сумма разового перевода превысит 1000 лат... в остальных случаях самому надо идти если совесть мучает =0)

Латвийские налоги с нее не вычитают. Но если банк предоставит налоговой информацию о том сколько заходит на ваш счет то у к вам могут появиться вопросы. Но т.к вы уже платите налог в Германии (если зарплата официально то налог уплачен)  то по закону вы должны заплатить разницу если она конечно есть между налогами в Германии и Латвии.