индексируются ли Flash сайты в поисковых системах ??

Корневая страница проиндексируется, посколько для добавления Flash элементов ты используешь язык разметки. Дальнейший переход по внутренним страницам не возможен как для Flash контента, так и для динамических страниц на AJAX/JavaScript. Решение этой проблемы, делать параллельный аналог страницы исключительно на HTML, который будет отображаться для Google Bot, и прочих агентов поисковых систем.

Индексируются. А вот топы...

http://moodstream.gettyimages.com/
http://waterlife.nfb.ca/
http://www.beingmarcecko.com/

Гугл частично умеет индексировать флеш. Яваскрипт частично умеют Гугл и Яндекс. Частично - потому что наиболее типовые варианты. Более изощренные методы могут не пройти.