как изменить это в скайпе? (внутри)

не надо обманывать своего парня и прятать от него переписку с каким-то другим парнем )

Инструменты - настройки - чаты Смс - стереть чат историю.

У меня так 1 раз было ) На работе с парнем общалась, а дома папа на обеде был как раз. Ну он комп врубил и скайп автоматичеси включился... Вот и сидел читал о чём мы общаемся.   А вечером меня подкалывал...  
А по теме - просто удаляй своевременно переписку и усё )

в настройках скайпа , "не сохранять историю "  

выходить  из скайпа, и при входе, если вылетает, своевременно удалять историю