оптика через рутер - на одном компе скорость 40 мбит/с, на другом - 5мбит/с, почему так?

Оба стационара? Или один лаптоп?
Если стационары.. посмотри настройки сетевой карты компа, на котором 5 метров. Авось стоит десятка half mode или что то в этом роде, а не 100 мегабит.
Если на лаптопе 5 метров, то через стандартный Wi-fi больше 25 не выжмешь.

А сколько всего мбит идёт в сам рутер?
А провода у вас точно на 100 мегабит?
А пробывали ли компы менять местами?
Если безпроводной - то надо думать о хорошем сигнале.

Судя по скоростям, ноутбук подключается по 802.11n, а стационарный по 802.11b. Ищи проблемы в настройках. Смотри настройки интерфейсов и битые пакеты.

В вопросе нет информации о топологии сети, типах подключения машин и методиках измерения производительности.
Отвечать не на что.