что можно делать при помощи этих программ git, putty,pageant?

С помощью Putty можно подключиться к серверу (в  данном случае к твоему компьютеру) Если твой компьютер защищен, то никто ничего не сможет сделать без твоего согласия

putty - это терминальный клиент, git - это для работы с версиями файлов, что бы следить за изменениями, pageant - это модуль putty для безпарольной авторизации. Если начинка у этих программ именна та, что должна быть, то они безвредны, но, знаешь ли, можно любой netbus переименовать в putty и тогда твой вопрос теряет смысл.

через пути обычно администрирую удалённый сервер