Возможно ли после перепрошивки Андроида,восстановить отдельно взятый файл(допустим заметки),а не всю систему?(бэкап системы есть.)

Если ты перед перепрошивкой сохранял через Titanium backup програмку + данные, то можно, если нет то нельзя)

Как вариант сделай бекап CM 9 и восстанови старую прошу,  через титаниум сохрани заметки, восстанови бекап СМ 9  и там через титуниум восстанови свои заметки)

Но мне кажется легче просто новые заметки написать :D

Если стоит  Clockmod recovery то в разделе (backup и restore) есть раздел "advanced recovery" от туда можно.