Если файл создавался сразу с возможностью заполнения встроенных форм, то никаких программ не надо. Если надо отредактировать PDF, предназначенный только для просмотра, то это можно сделать в Adobe Acrobat, Adobe Illustrator или в менее навороченных сторонних программах.
По стандарту, если оформляешь их в формах сайта vid.gov.lv, формат файлов должен быть *.xml Если скачиваешь форму с их сайта и работаешь в ней, то я так полагаю при сохранении окончательной версии документа тоже надо придерживаться формата *.xml