Какая может быть причина увелечения времени загрузки Windows ?

Биос - загрузка с диска.  

На 4 минуте про пароли.

USB драйвер загружается в последнюю очередь. Подключи клаву к PS/2 выходу через переходинк. :)

Brain.def шалит.



это просто лечится. гоогле.цом довнлоад опера. или райт клик май cumпутер - девице манагер - сервисы - секурити центер офф.

замок света я надеюсь ?  

Start-Run..-msconfig-вкладка Boot, дальше сам сориентируешься

Если они обе на одной партиции, то никак. Удалить обе, потом проинсталлировать новую. Ну или на крайняк просто из другой Win стереть папку самой Windows которая вторая.
Если они на разных партициях, (дисках), то просто банально форматнуть тот диск. Не забываем, что документы и программы могут находиться не только на той, где от них Windows, т.е. вначале убеждаемся что там кроме Windows ничего полезного нет, потом форматируем

А само меню загрузок редактируется либо правкой boot.ini (для ХР) либо при помощи програмки EasyBCD 1.7.2.exe для Висты и Семёрки

Поставить Windows XP или если потянешь то Windows 7

Я бы попробовал grub, или какой нибудь еще boot manager