Может ли из-за этого глючить компьютер (подробнее внутри ) ?

teoriti4eski pri4ina moze bit v  tom sto disk s windows  okazalsja v drugom meste  fizi4eski na diske raspolozen k primeru blize k centru plastini
tam skorost 4tenija nemnogo nize chem s naruznogo kraja.

Никогда не страдал херней, как прочими програмками делить диск.
Еще со времен DOS привык пользоваться встроенными средствами. Там существовала внешняя команда FDISK.EXE, где можно было назначить разделы, и какой из них будет активным.
Потом эта привычка перешла в WINDOWS, там в процессе установки в самом начале идут опции форматирования диска, разбитие на разделы и тип файловой системы.
Только один раз я воспользовался  прогой Partition Magic по причине срочного выделения отдельного раздела на уже готовой "винде".
А Acronis использую только для бэкапа системного диска с хранением образа этого диска в защищенной области диска.
По-моему, эффективней некуда. А левые проги в лучшем случае будут "засирать" реестр, вызывая подтормаживание, в худшем - глюки.
Кстати, вполне возможно твой "сьюит" мог создать свой собственный загрузчик, чтобы потом подцеплять раздел диска с "виндой".

Переставь винду просто.Не парь себе мозг.А умников что типа говорят что Акронис и Партишеном нефиг пользоваться посылай.Люди создавшие их не дибилы.Форматни полностью хард.Данные перенеся на другой хард вобще и зделай всё заного.