Можно ли в зарядном устройстве заряжать батареи (пальчиковые, аккумуляторные) разной емкости (по 2 одинаковых с разных сторон - 4)?

В принцепе да....

Надо читать инструкцию. У каждого по разному. У моего куча комбинаций перечислено.

Обычно нельзя. Но есть хитровыделанные зарядки )
Даже на моей зарядке с микропроцессором, за 25 лат, и то нельзя. Все одинаковые хочет. Или по две заряжать, по очереди
Для литиевых может не быть такой зависимости. Это я рассказывал для обычных, никель-кадмиевых и обычных зарядок.