Системные файлы скорее всего они не удалят, но что-то из не системных файлов, но нужных они запросто могут удалить. Лучше потратить немного времени, и почистить всё ненужное руками.
Хоть вы и убеждаете всех что удалили , но это не так. Остались хвосты , отсюда и проблемы. Выход из положения : скачайте на время другой браузер и попросите спеца помочь очистить остатки хрома.