почему в аттестате 9 класса есть оценки за предметы, которые не проходили в этом году(информатику и природоведение)?

Этот аттестат - свидетельство об основном (девятилетнем) образовании. Поэтому там сведения о предметах, пройденных за 9 лет.
Свидетельство об обучении в 9-ом классе - это табель. В нем информация только о тех предметах, которые проходили в 9-ом классе.
Аттестат после 12-го класса - это свидетельство о среднем образовании. Поэтому в нем информация о предметах, пройденных с 10-го по 12-й классы. Свидетельство об образовании в 12-ом классе - это, опять-таки, табель.

В аттестате за 12 класс не будет оценки за домоводство и музыку.. будет оценка за информатику и экономику (информатика начинается с 10 по 11 класс (математический класс с 10-12 класс информатика и экономика)