что надо изменит в сэтупе, чтоб читался диск и смогбы форматнуть камок?

exFat будет читаться на винде, маке и линухе без ограничения записи больших файлов

С работающей системой? Всё равно, что попробовать вынуть двигатель из едущей по трассе машины...
Либо с помощью установочного диска Windows, либо из под DOS.

Нужно создать раздел. Попробуй подсоединить к рабочему компу и посмотреть через партишен меджик и с него создать раздел, или загрузиться с диска винды и когда она начнёт предлагать места куда себя инсталить создать раздел оттуда.

Administrative tools / Computer management / disk management

то что винда у тя на другом диске это одно, загрузочные фаилы всё-равно на диске С:
форматнуть его можешь загрузившись с любого диска установочного Windows но при этом комп больше не найдёт твою винду, лучший вариант сохранить всё куда сможешь, форматнуть (если надо разбить жёсткий как те удобнее) и поставить нормально винду на диск С: если будут вопросы пиши в личку

с помощью того же инсталляционного диска Виндоус.

диск вставь и инсталяшкой и перстарт, пусть читает с диска.. и все.. как вариант: установи вторую винду на другой диск, зайди в нее и форматни первый диск)

А ты вырве себе сердце!
Не получается? А чего думаешь что винда сможет стереть саму себя? :)

Желательно писать диск на минимальной скорости. Да, и, конечно, не просто копированием содержимого ISO на болванку

Через Nero Vision это делается.
Хотя нет, через Nero Vision можно записать .avi так, чтобы плеер читал.
А, если у тебя уже готовые файлы, то просто закидываешь всё, что скачал на диск, должна быть одна или две папки. Обычно Video TS и Audio TS, но иногда только Video TS.