Почему могут тормозить на середине некоторые .VOB и .FLV файлы?

Онлайновое FLV обычно не ускоряется видеоадаптером (если нету новейшей беты флеш плеера и дров), поэтому это слабый процессор или фоновая нагрузка на него.

VOB следует воспроизводить DVD плеерами, которые поддерживают аппаратную поддержку ускорения через видео. Если они тормозят только всередине - проверь жёсткий диск, может он даёт сбои. Если смотришь с DVD диска - то лучше устранить физические неисправности как сидюка так и диска.

Опиши свою конфигурацию.

50% что нечто тормозит это извне (другие программы и тп).

"некоторые" - скорее файл был неудачно сконвертирован...